Un jeune garçon du nom de Yugi Muto bat le champion du monde, Seto Kaiba, dans un duel avec l'aide du mystérieux Millenium Puzzle, le soutien des amis et le cœur des cartes. Yugi devient alors célèbre dans le monde. Yugi et son ami Joey participent à des duels pour aider à sauver les membres de la famille. Tout le chemin Yugi et l'Esprit dans le puzzle essaient de se comprendre davantage. Seto Kaiba essaie de retrouver le titre qu'il avait autrefois. De nombreux personnages entrent et sortent, beaucoup sont duellistes et cela fait des batailles intéressantes.