เด็กชายตัวเล็กชื่อยูกิมูโตะเอาชนะแชมป์โลก Seto Kaiba ในการต่อสู้ด้วยความช่วยเหลือของปริศนา Mysterium Millenium การสนับสนุนของเพื่อนและหัวใจของการ์ด ยูกินั้นก็มีชื่อเสียงไปทั่วโลก ยูกิและโจอี้เพื่อนของเขาเข้าร่วมในการดวลเพื่อช่วยสมาชิกในครอบครัว ตลอดทางยูกิและวิญญาณภายในปริศนาพยายามที่จะเข้าใจซึ่งกันและกันมากขึ้น Seto Kaiba พยายามที่จะฟื้นชื่อที่เขาเคยมี ตัวละครหลายตัวปรากฏตัวเข้าและออกหลายคนเป็นนักต่อสู้และทำให้การต่อสู้ที่น่าสนใจ