Sát Thủ Nhân Tạo 2 kể về câu chuyện của một cô gái thoát khỏi phòng thí nghiệm bí mật sau khi là người duy nhất sống sót từ vụ tai nạn khiến phòng thí nghiệm đổ nát. Lúc này, vô số thế lực với những động cơ khác nhau đã tập hợp lại để truy đuổi cô gái trẻ.