Shinichi Kudo, un détective maître de dix-sept ans, avait tout. Il pouvait résoudre n'importe quel cas porté à son attention et en temps record. Son ami Highschool, Ran, est un expert du karaté et son père est un bumbling p.i. Qui est dirigé fou par le fait que Shinichi obtient tous les grands cas. Un jour, tandis que Shinichi et Ran sont dans un parc d'attractions, la paire devient séparée. Shinichi attrape le vent d'une sale affaire en descendant et espionne une paire d'hommes dans des trèches noires. Il est attrapé et les hommes utilisent un poison expérimental sur lui, l'intention de le tuer. Cependant, les choses ne fonctionnent pas exactement comme prévu. Quand Shinichi vient à ses sens, il trouve qu'il est rétréci jusqu'à la taille d'une quatrième niveleuse. Il se rend à l'inventeur GOOFBALL qui lui vit à côté de lui, et l'inventeur s'engage à lui donner une main. Quand Ran est à la recherche de Shinichi, lui et l'inventeur proposent une histoire disant que Shinichi est un enfant nommé Conan Edogawa (Conan comme à Sir Arthur Conan Doyle). Ran propose de laisser "Conan" vivre avec sa famille pendant que sa "famille" est absente. Shinichi fait ensuite sa mission de trouver un jour les hommes qui l'empoisonnent et obtiennent l'antidote. Conclut ainsi la backstory à la série. Dans chaque épisode, Conan résout un cas différent dans le style de tous les spectacles de détective, donnant des astuces pour aider le spectateur à essayer de deviner qui est le méchant, tout en essayant de garder sa véritable identité un secret.