Shinichi Kudo, um detetive mestre de dezessete anos, tinha tudo. Ele poderia resolver qualquer caso trazido à sua atenção e no tempo recorde. Seu amigo de Highschool, correu, é um especialista em karatê, e seu pai é um deputado p.i. Quem é impulsionado pelo fato de que Shinichi recebe todos os grandes casos. Um dia, enquanto Shinichi e Ran estão em um parque de diversões, o par se separou. Shinichi pega o vento de um acordo sujo descendo e espia em um par de homens em trenchcoats escuros. Ele é pego e os homens usam um veneno experimental sobre ele, com a intenção de matá-lo. No entanto, as coisas não funcionam exatamente como planejadas. Quando Shinichi chega aos seus sentidos, ele acha que ele está encolhido até o tamanho de uma quarta série. Ele vai para o inventor de goofball que vive ao lado dele para ajuda, e o inventor concorda em dar uma mão. Quando Ran vem procurando por Shinichi, ele e o inventor vêm com uma história dizendo que Shinichi é uma criança chamada Conan Edogawa (Conan como em Sir Arthur Conan Doyle). Ran oferece para deixar "Conan" viver com sua família enquanto sua "família" está longe. Shinichi então faz sua missão a um dia encontrar os homens que o envenenavam e pegam o antídoto. Assim conclui o backstory para a série. Em cada episódio, Conan resolve um caso diferente no estilo de todos os bons programas de detetive, dando sugestões para ajudar o espectador tentar adivinhar quem é o vilão, enquanto tentando manter sua verdadeira identidade um segredo.