Shinichi Kudo, seorang detektif tuan berusia tujuh belas tahun, memiliki semuanya. Dia bisa menyelesaikan kasus apa pun yang diperhatikan dan dalam waktu singkat. Teman highschool-nya, Ran, adalah seorang ahli karate, dan ayahnya adalah hibling P.I. yang didorong gila oleh fakta bahwa Shinichi mendapatkan semua kasus besar. Suatu hari, sementara Shinichi dan Ran berada di taman hiburan, pasangan itu dipisahkan. Shinichi menangkap angin kesepakatan kotor turun, dan memata-matai sepasang pria dalam parit gelap. Dia tertangkap dan para pria menggunakan racun eksperimental padanya, berniat membunuhnya. Namun, hal-hal tidak berfungsi persis seperti yang direncanakan. Ketika Shinichi datang ke akal sehatnya, dia menemukan dia menyusut hingga ukuran siswa kelas empat. Dia pergi ke penemu Goofball yang tinggal di sebelahnya untuk bantuan, dan penemu setuju untuk memberinya tangan. Ketika Ran datang mencari Shinichi, dia dan penemu datang dengan sebuah cerita yang mengatakan bahwa Shinichi adalah seorang anak bernama Conan Edogawa (Conan seperti pada Sir Arthur Conan Doyle). Ran menawarkan untuk membiarkan "Conan" tinggal bersama keluarganya sementara "keluarganya" sedang pergi. Shinichi kemudian menjadikannya misi-Nya untuk suatu hari menemukan orang-orang yang meracuninya dan mendapatkan penawarnya. Maka menyimpulkan backstory ke seri. Di setiap episode, Conan memecahkan kasus yang berbeda dalam gaya semua pertunjukan detektif yang baik, memberikan petunjuk untuk membantu pemirsa mencoba menebak siapa penjahat itu, sambil mencoba merahasiakan identitas aslinya.