Trois ans se sont écoulés depuis le tristement célèbre massacre de Battle Royale, et l'un des enfants qui a survécu au jeu sanglant - Shuya Nanahara - a créé un groupe terroriste, déclarant la guerre aux adultes japonais. Un nouveau jeu est établi par le gouvernement, et les 42 écoliers sélectionnés au hasard sont cette fois-ci étant donné la tâche de prendre d'assaut la forteresse des îles des terroristes pour tuer Nanahara dans les trois jours - ou ils seront eux-mêmes résiliés.