Três anos se passaram desde o infame massacre de Battle Royale e uma das crianças que sobreviveram ao sangrento jogo - Shuya Nanahara - estabeleceu um grupo terrorista, declarando guerra aos adultos do Japão. Um novo jogo é estabelecido pelo governo, e as 42 crianças em idade escolar selecionadas aleatoriamente são desta vez, dada a tarefa de invadir a fortaleza da ilha dos terroristas para matar Nanahara dentro de três dias - ou eles mesmos serão encerrados.