Tiga tahun telah berlalu sejak pembantaian Battle Royale yang terkenal, dan salah satu anak yang selamat dari permainan berdarah - Shuya Nanahara - telah membentuk kelompok teroris, menyatakan perang terhadap orang dewasa Jepang. Sebuah permainan baru didirikan oleh pemerintah, dan 42 anak sekolah yang dipilih secara acak kali ini mengingat tugas menyerbu benteng pulau teroris untuk membunuh Nanahara dalam waktu tiga hari - atau mereka sendiri akan diberhentikan.